Il riferimento documentato più antico al toponimo Villafranca è del 1190 e riguarda gli atti con cui il Vescovo concede l’autonomia alla chiesa fino al allora dipendente da Limina (Limena), dandole giurisdizione sulle cappelle di Tajè, Ronchi, Campolongo (Campodoro). La vasta campagna che si protende a cuneo verso la vicina Padova, fu nel medioevo particolarmente contesa con i Vicentini-Scaligeri e luogo di passaggio lungo la via della transumanza dagli altipiani lungo l’asse del Ceresone a Bevador (vedi Torre Rossa) e l’antica romana Via della Lana. Il Comune di Padova e successivamente i Carraresi, concessero ampie autonomie ed in particolare l’istituzione di un mercato libero da tasse e balzelli e da questo fatto dovrebbe derivare il termine di Villa Franca. La cosa era abbastanza comune per le località di confine o a ridosso di obiettivi strategici particolarmente delicati pur di accaparrarsi la benevolenza della popolazione, si pensi in questo caso al ruolo del canale Brentella, scavato nel 1314, e all’importanza che ebbe nelle dispute con i vicentini che deviarono il Bacchiglione-Bisatto pur di lasciare ‘a secco’ la città.
Con decreto dell’11 agosto 1867 il re Vittorio Emanuele II attribuiva al comune di Villafranca la denominazione di Padovana allo scopo di evitare omonimie con altri paesi dell’Italia riunificata.